Olivier DUGAS

70 rue Meurein

59800 LILLE

28 ans (15/03/1976)

Marié, 1 enfant

Tél: 03.20.38.60.21 (répondeur)

Portable : 06.19.17.95.18

E-mail : olivier.dugas@free.fr

CHEF DE PROJET

INGENIEUR BIOINFORMATIQUE

EXPERIENCES PROFESSIONNELLES

Depuis toujours : Consultant en freelance

Audit, expertise, conceptualisation et gestion de déploiement de solutions en Système d'Information dédiées à la recherche.
Clients : Sociétés Pharmaceutiques, Sociétés de Biotechnologies, Sociétés de Consulting.

Depuis Septembre 2003 : Chercheur / Chef de projet

Développement, conceptualisation et gestion du projet de recherche BIGRE (impliquant 6 chercheurs sur 3 sites).

BIGRE est un projet de système d'intégration de données via un système à l'architecture distribué. L'interopérabilité des services

et des données est basée sur une description sémantique métier.

- Analyse fonctionnelle, modélisation conceptuelles des données, formalisation de la sémantique des données biologiques,

- Gestion de projet,

- Prospection et gestion de partenariat.

Octobre 2001 – Juin 2003 Directeur opérationnel

Ressource humaine : management d'une équipe de 6 personnes,

Relation client : prospection et suivi clientèle

Développement de produits : conception nouveaux produits, développement, marketing, veille technologique Open Source, veille scientifique

Dimensionnement et déploiement d'infrastructures informatiques suivantes :

- système de backup sécurisé,

- planification des tâches, gestion des ressources,

- système dédié à la recherche (cluster de calcul, volumes de données importants)

Consulting : audit et recommandations

Clients : Industrie Pharmaceutique, Société de Biotechnologie, Société de service, Laboratoire d'analyse.

MEDIAGEN, Lille

Septembre 2000 - Octobre 2001 Bioinformatic Manager.

Gestion de la stratégie bioinformatique et des solutions informatiques.

R&D : Recherche et mise en place de système de diagnostique moléculaire.

Développement :Programmes d'analyses génétiques dédiés à l'aide à la décision médicale, analyse massive de banques pour la recherche.

Réalisations :

Programmes internet : HIV viroscorer^(TM) , HIV genotyping,

HBV genotyping

Programmes d'analyse massive pour la recherche de nouvelles mutations impliquées dans les résistances aux antirétroviraux

Advanced Biological Laboratories, Paris

Février - Juillet 1999 Bioinformaticien

(stage 6 mois)

Programmation dans le cadre de :

- Génotypage du virus de l'hépatite C,

- Analyse de signal : distinction de 2 souches mélangées (coinfection) par analyse bioinformatique.

VISIBLE GENETICS, Génopôle Evry.

FORMATION

1996-1999

Diplôme d'ingénieur de l'Ecole Supérieure d'Ingénieur de Luminy (ESIL), département Génie Biologique et Microbiologie Appliquée (GBMA) Marseille.

Option Bioinformatique

1994-1996

Brevet de Technicien Supérieur en Biotechnologie,

Lycée technique St LOUIS , Bordeaux.

COMPETENCES - CENTRES D'INTERETS

Informatique :

Management :

Planification de Développement, gestion des ressources et gestion de code.

Technique:

Langages : Perl, JAVA, HTML, XML (XSLT), SVG, SQL., Shell Unix, LATEX.

Serveurs : Apache, Samba, MySQL, PostGres,

Système dédié cluster : OpenMosix, MPI

Logiciel Open source :

Open Office, Apache, Webmin, MrProject, Tutos

Connaissance importante des ressources du domaine Open Source, échange avec de nombreux responsables de projet.

Bioinformatique :

Integration de données hétérogène,

Design de schéma Conceptuel et logique pour des données biolgique.

Analyse de séquence, gestion de banques de données,

Algorithmes propres (Détection de mutations, génotypage, analyse différentielle de banques clusterisées).

Création originales

Concepteur de la plate-forme My_BioIP : système de mise à disposition d'outils Unix libre pour les biologistes, connexion d'outils pour créer un flux d'analyse, interaction avec MySQL.

Concepteur d'un système d'analyse multiples de génomes.

Concepteur d'un système de génération semi-automatique de schéma relationnel et interface de requêtage - implémentation.

Concepteur d'un système de surveillance de site web dans un contexte de veille concurrentielle.

Parallélisation de divers algorithmes d'analyses.

Recherche de mutations et interprétation

OS :

Linux (distibution DEBIAN), Windows NT, XP.

Service militaire :

Expert en Biotechnologie, DST, Ministère de l'Intérieur.

Habilitation : Secret Défense

BIBLIOGRAPHIQUE

Articles

Bioinformatics in glycobiology

Marchal *, G. Golfier, O. Dugas, M. Majed,

Biochimie 85 (2003) 75-81

Intervention orale

Quelles sont les ressources actuelles en bio-informatique ?

Euroforum, Séminaire Bionformatique, 2002, Paris.

Posters

Comparative evaluation between five automated resistance interpretation algorithms.

R. Boulmé, P. Halfon, R. Diaz, O. Dugas, and JC Schmit. 5th international workshop on drug resistance and treatment strategies, Scottdale, AZ, USA. 4-8 June 2001.

HIV-1 Subtype Characterization Using Automated Internet-based Resources

R. BOULME, O. DUGAS, JM ZIMMER, D. GONZALEZ and JC SCHMIT 41st Interscience Conference on Antimicrobial Agents and Chemotherapy (ICAAC ), Chicago, IL, USA.

HIV-1 Subtype Determination in Routine Clinical Samples from 5 Countries Using an Internet-based Subtyping Tool

R. Boulmé, O. Dugas, I. Robert, R. Hemmer, V. Arendt, T. Staub, B. Schmidt, H. Walter, D. Gonzalez, K. Korn, P. Halfon, N. Clumeck. P. Hermans, S. Dewit, R. Diaz and J.C. Schmit 8th European Conference on Clinical Aspects and Treatments of HIV- Infection, Athens, Greece

Analysis of Mutational Patterns Associated with Resistance to Tenofovir DF and Lopinavir/ritonavir

R. Boulmé, O. Dugas, P. Halfon, D.Gonzalez, R. Diaz, and JC. Schmit 8th European Conference on Clinical Aspects and Treatments of HIV- Infection, Athens, Greece

Divers

« L"avenir de la biologie passe par la bioinformatique »,Rebondir, Novembre 2001